Нов алгоритъм открива генетичните основи на чертите на хората
Изследователи от Европейския институт за биоинформатика EMBL са създали нов нов метод към проучването на въздействието на генетичните вариации върху другите черти на организмите.
Новият логаритъм с названието MSET дава опция да се извърши генетичен разбор на голям брой черти при 500 000 особи по едно и също време.
Връзката сред гените и генетичните основи на чертите в действителност е доста по-сложна в реалност, в сравнение с наподобява. Всяка линия или болест се дължи надалеч не на един ген, а на цяла група от вариации. Специалистите от Асоциацията на проучванията на генома (GWAS) настояват, че всеки симптом или линия се дължат на комбиниране на голям брой генетични фактори, само че учените занапред стартират да изследват това, по какъв начин генетичните вариации въздействат да вземем за пример върху здравето.
В това отношение генетиците и медиците имат потребност от оптимална система или логаритъм, който да открива нужната информация в данните по едно и също време на стотици хиляди души. Само по този начин може правдиво да се изучи взаимовръзката сред другите генетични вариации и съответните черти.
„ Установяването на генетичните вариации, лежащи в генетичните основи или фенотипа е много комплицирана задача. Обикновено ние работим, като проучваме всеки фенотип и всяка разновидност – споделя ръководителят на проучването Оливър Стигъл (Oliver Stegle). – Сега използваме елементарни модели, с цел да разкрием комплицирани зависимости сред наборите генетични вариации и фенотипите на болесттите. “
Съществуват комплицирани модели, които разрешават да се огледа взаимното деяние на голям брой разнообразни вариации, само че за обработка на едно комплицирано питане се изискват към година комплицирани компютърни калкулации.
„ Нашето достижение се заключава в това, че открихме опция да извършване интегриращ разбор на голям брой вариации и фенотипи за същото време, което се изразходва за един елементарен разбор “, споделя Стигъл.
Изследователите ревизирали своите логаритми на данните от две проучване, чиито резултати били предоставени за намерено прилагане, и ги сравнили с получената благодарение на най-съвременни принадлежности информация. Тяхното проучване на четирите липидни черти посочило, че новият способ работи доста по-бързо и може да открие „ основата “ на огромна част от тези черти в ръководените от тях гени.
„ Нашата цел беше приемането на опция да изучим тези въпроси от две страни – продължава Стигъл. – От една страна, искахме да разберем всички вариации на един ген, които могат да бъдат въвлечени в регулирането на един съответен липиден симптом. От друга страна, се стремихме да погледнем съвкупния резултат, да получим информация за липидното контролиране като общо. “
С помощта на новия логаритъм учените получили опция да прегледат няколко вариации на гена по едно и също време, като ги сравнявали с няколко свързани фенотипа. Това оказва помощ да се дефинира какви гени (или сектори от гени) са задействани в съответни функционалности (например в липидното регулиране).
Тази работа подобрила статистическата мощ (а това значи – и увереността на учените в правилността на техните изводи) и предоставила принадлежности, които могат да проучват няколко признака в доста огромна извадка.
Алгоритъмът може да бъде употребен за проучване на половин милион физически лица – по-рано такива огромни сложни разбори са претендирали големи запаси. Методът ще помогне на откривателите да дефинират какви съответни аспекти от биологията на индивида се явяват наследени, а също да разкрият някои секрети на генетичната „ отговорност “ за многочислени биологични процеси.
Статията на учените е оповестена в изданието Nature Methods.
