Искате да си отгледате микроби в петриева паничка? Елементарно е.

Искате да си отгледате микроби в петриева паничка? Елементарно е. Вземете секрет от каквото си пожелаете с най-обикновена съчка за уши, натъркайте я върху стъкло с агар, оставете го да престои няколко дни в топла стая и готово! Вие преди малко си отгледахте нови космати приятелчета.

Микробните типове обаче, които може да култивирате в петриева паничка, са единствено дребна част от бактериите, археите и останалите микроорганизми, които сте сграбчили дружно с клечката за уши – това са просто тези, които са подобаващи за изискванията, в които сте ги отгледали.

По-голямата част от организмите просто не харесват средата, която можем да им предложим, и надлежно не биха процъфтели в петриева паничка.

Сега интернационален екип от откриватели употребява нова техника, наречена метагеномика, и откри 12 556 нови типа бактерии и археи, които в никакъв случай до момента не са били отглеждани в лабораторни условия.

„ Успяхме да реконструираме хиляди метагеномно асемблирани геноми (МАГ) непосредствено от секвенираните проби – без нуждата да култивираме микробите в лабораторията – споделя генетикът и водещият създател на изследването Стивън Нейфах от Съвместният геномен институт на Министерството на енергетиката на Съединени американски щати. – Това, с което актуалното проучване изпъква над предходните сходни инициативи, е забележителното многообразие на оценените проби. “

Карта на местата и видовете МАГ, които са били секвенирани. Източник: Nayfach et al., Nature Biotechnology, 2020

Екипът е имал достъп до голяма база данни с над 10 000 метагеномна – термин, сплотяващ целия генетичен материал от една проба. Всяка една ДНК, която могат да извлекат, се секвенира благодарение на дребни геномни влакна. След това те се пробват да сглобят още веднъж тези къси късчета ДНК.

Представете си, че слагате пъзел в блендер, след което се пробвате да го подредите, и няма да сте надалеч от истината. С помощта на тази техника обаче екипът съумява да сглоби 52 515 МАГ от тези данни – доста от тях с високо качество. Нещо повече - геномът на всички е с над 50 % комплектност.

Това не е първият екип, който употребява мегеномика, с цел да открие микроби. През 2018-а учени откриха 16 великански вируса, а благодарение на тези способи през 2017-а откриватели се натъкнаха на 20 нови еволюционни клона в дървото на живота.

В този нов труд обаче откривателите са се опитвали да проучват проби от най-разнообразни места (океани и друго морски региони, местности, населявани от хора и животни, както и почви и други земни среди), с цел да разширят познанията ни за микробите.

Изследването е оповестено в Nature Biotechnology.