Вместо PCR – защо не ползваме позната технология, която не отстъпва и може да е по-евтина?
Защо в България не се употребява от дълго време позната технология за тестване и разкриване на вирус вместо PCR? Отговорът на този въпрос се оказа многопластов.
Технологията LAMP (loop-mediated isothermal amplification) – по-евтина ли е от PCR?
Според обява в Журнала на Американската здравна асоциация (JAMA), тази технология е толкоз достоверна за разкриване на вирусно РНК от SARS-CoV-2, колкото е PCR. Изрично в обявата е посочено, че приложението на технологията не изисква скъпа инсталация или профилирани реактиви.
Пред Actualno.com Кремена Месечкова, изпълнителен шеф на лаборатория " Геника ", удостовери това – че апаратурата за LAMP е несравнимо по-евтина по отношение на тази за PCR, в границите на до 50 пъти. Реактивите за проби обаче не се разграничават като цена при LAMP и PCR, а точно това е главната " суровина ". Отделно стоят и други въпроси – дали съответната лаборатория има експертизата да работи с тази технология (както и с PCR), дали дистрибуторът, с който работи (български филиал на задгранична компания) предлага нужните реактиви за LAMP проби или главният подбор е PCR. Съответно, госпожа Месечкова не счита, че в България ще е по-евтино да се употребява LAMP, поради, че към този момент е закупена инсталация за PCR диагностика, надвишаваща в пъти нуждата от проби. За страдание на този стадий към този момент е късно за внедряване на съответен диагностичен логаритъм за редукция на цена на тест или оптимизация и консолидация на процеса.
LAMP – какво съставлява
Технологията е сходна на PCR. Тя спада към категория NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) проби, която обобщава няколко типа амлификационни молекулярно-диагностични способи за детекция на генетичен материал.
Всички разновидности на NAATs за SARS-CoV-2 характерно разпознават последователностите на РНК (рибонуклеинова киселина), които съдържат генетичния материал на вируса. Този тип технологии правят лабораторно намножаване на изолирания геном на съответния вирус, в случай че същия участва се пациентската проба. Възможността за основаване на стотици копия генетични фрагменти единствено от единични вирусни находки в пациентската проба прави всички NAATметоди доста по-чувствителни, съпоставено с антигенен тест.
От началото на пандемията COVID-19, броят и типовете NAATза разкриване на SARS-CoV-2, позволени за приложимост от Американската администрация по храните и медикаментите (FDA) включват RT-PCR, TMA, LAMP и още няколко типа амлификационни генетични техники, като техния брой непрестанно се усилва.
Каква е разликата сред LAMP и PCR?
PCR прави амплификация при вариращи температурни условия през доста къси секундни шпации от време, което допуска потребление на профилирана, високочувствителна и лабораторно позиционирана инсталация. Обичайно времето належащо за възпроизводство на задоволително генетични фрагменти от единица първоначален биологичен материал е към 1-2 часа.
При LAMP амплификацията на вирусния геном се осъществявана една съответна температура, като за задачите методиката изисква само съществуването на топлинен източник, като най-често се употребява термостат. Извършването на процеса при непрекъснати температурни условия, разрешава приемане на резултат за 25-30 минути . Разновидността на термостатите варира от портативни до професионални формати с потенциал на пробообработка от една до стотици проби за 30 минути.
В съпоставяне с PCR, LAMP методът предлага съизмерима сензитивност, като преимуществото тук е, че за доста по-кратко време могат да бъдат оценени огромен брой проби, без нужда от скъпоструваща апаратура- споделя госпожа Месечкова.
В доста страни, които се отличават с по-развита здравна инфраструктура, разнообразни NAAT технологии, включително и LAMP се ползват паралелно с PCR диагностиката - показа госпожа Месечкова. Франция, приложиха LAMP още на първия месец от старта на пандемията, посочи тя.
Къде сме ние?
По думите на госпожа Месечкова, в България преди пандемията звената, предлагащи геномна диагностика са били извънредно малко, като лаборатория " Геника " и Националната генетична лаборатория, като профилирани генетични лаборатории са се отличавали с най-развита база и са правили над 90% от всички геномни проби в страната.
България посрещна пандемията с недостиг от подготвени експерти за геномна диагностика. Много лаборатории до този миг не бяха наясно какво съставлява PCR диагностиката и занапред се образоваха и внедряваха сходна методика. Това изяснява за какво и до този миг различни на PCR методики като LAMP, TMA и други остават нови термини за множеството лаборатории - по този начин госпожа Месечкова разказва какъв брой обратно е била България като експертиза в NAAT техниките.
На въпрос дали здравното министерство или друга държавна институция е правила среща със експерти по геномна медицина по отношение на това кое е най-добре във връзка с технологията за тестване на КОВИД – като комбиниране на качество от точност и цена, късият отговор е: " Не ми е известно ".
" Техническа обезпеченост можеше да се реализира по доста способи. Налични са изцяло автоматизирани платформи за диагностика на вирусен геном с потенциал от 1800 теста за 8 часа. Реално два такива апарата можеха да обезпечат потребността от PCR проби за България, изхождайки от статистиката. Фокусът на страната обаче беше доста друг и лабораториите започнаха да правят тестванията по определен от тях протокол, цена, период на осъществяване и така нататък ", сподели госпожа Месечкова.
Тя засегна и още един проблем – за какво слюнката не се употребява като проба за тестване на КОВИД?В множеството развити страни това е желана опция на назофарингеалната проба. По думите ѝ, няма никаква кардинална разлика сред слюнка и назофарингиална проба от позиция сензитивност, специфика, надеждност и годност на теста. Въпреки това, към днешна дата в България слюнката като проба се употребява изключително малко що се отнася до PCR технология.
Още от ИНТЕРЕСНО:
Технологията LAMP (loop-mediated isothermal amplification) – по-евтина ли е от PCR?
Според обява в Журнала на Американската здравна асоциация (JAMA), тази технология е толкоз достоверна за разкриване на вирусно РНК от SARS-CoV-2, колкото е PCR. Изрично в обявата е посочено, че приложението на технологията не изисква скъпа инсталация или профилирани реактиви.
Пред Actualno.com Кремена Месечкова, изпълнителен шеф на лаборатория " Геника ", удостовери това – че апаратурата за LAMP е несравнимо по-евтина по отношение на тази за PCR, в границите на до 50 пъти. Реактивите за проби обаче не се разграничават като цена при LAMP и PCR, а точно това е главната " суровина ". Отделно стоят и други въпроси – дали съответната лаборатория има експертизата да работи с тази технология (както и с PCR), дали дистрибуторът, с който работи (български филиал на задгранична компания) предлага нужните реактиви за LAMP проби или главният подбор е PCR. Съответно, госпожа Месечкова не счита, че в България ще е по-евтино да се употребява LAMP, поради, че към този момент е закупена инсталация за PCR диагностика, надвишаваща в пъти нуждата от проби. За страдание на този стадий към този момент е късно за внедряване на съответен диагностичен логаритъм за редукция на цена на тест или оптимизация и консолидация на процеса.
LAMP – какво съставлява
Технологията е сходна на PCR. Тя спада към категория NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) проби, която обобщава няколко типа амлификационни молекулярно-диагностични способи за детекция на генетичен материал.
Всички разновидности на NAATs за SARS-CoV-2 характерно разпознават последователностите на РНК (рибонуклеинова киселина), които съдържат генетичния материал на вируса. Този тип технологии правят лабораторно намножаване на изолирания геном на съответния вирус, в случай че същия участва се пациентската проба. Възможността за основаване на стотици копия генетични фрагменти единствено от единични вирусни находки в пациентската проба прави всички NAATметоди доста по-чувствителни, съпоставено с антигенен тест.
От началото на пандемията COVID-19, броят и типовете NAATза разкриване на SARS-CoV-2, позволени за приложимост от Американската администрация по храните и медикаментите (FDA) включват RT-PCR, TMA, LAMP и още няколко типа амлификационни генетични техники, като техния брой непрестанно се усилва.
Каква е разликата сред LAMP и PCR?
PCR прави амплификация при вариращи температурни условия през доста къси секундни шпации от време, което допуска потребление на профилирана, високочувствителна и лабораторно позиционирана инсталация. Обичайно времето належащо за възпроизводство на задоволително генетични фрагменти от единица първоначален биологичен материал е към 1-2 часа.
При LAMP амплификацията на вирусния геном се осъществявана една съответна температура, като за задачите методиката изисква само съществуването на топлинен източник, като най-често се употребява термостат. Извършването на процеса при непрекъснати температурни условия, разрешава приемане на резултат за 25-30 минути . Разновидността на термостатите варира от портативни до професионални формати с потенциал на пробообработка от една до стотици проби за 30 минути.
В съпоставяне с PCR, LAMP методът предлага съизмерима сензитивност, като преимуществото тук е, че за доста по-кратко време могат да бъдат оценени огромен брой проби, без нужда от скъпоструваща апаратура- споделя госпожа Месечкова.
В доста страни, които се отличават с по-развита здравна инфраструктура, разнообразни NAAT технологии, включително и LAMP се ползват паралелно с PCR диагностиката - показа госпожа Месечкова. Франция, приложиха LAMP още на първия месец от старта на пандемията, посочи тя.
Къде сме ние?
По думите на госпожа Месечкова, в България преди пандемията звената, предлагащи геномна диагностика са били извънредно малко, като лаборатория " Геника " и Националната генетична лаборатория, като профилирани генетични лаборатории са се отличавали с най-развита база и са правили над 90% от всички геномни проби в страната.
България посрещна пандемията с недостиг от подготвени експерти за геномна диагностика. Много лаборатории до този миг не бяха наясно какво съставлява PCR диагностиката и занапред се образоваха и внедряваха сходна методика. Това изяснява за какво и до този миг различни на PCR методики като LAMP, TMA и други остават нови термини за множеството лаборатории - по този начин госпожа Месечкова разказва какъв брой обратно е била България като експертиза в NAAT техниките.
На въпрос дали здравното министерство или друга държавна институция е правила среща със експерти по геномна медицина по отношение на това кое е най-добре във връзка с технологията за тестване на КОВИД – като комбиниране на качество от точност и цена, късият отговор е: " Не ми е известно ".
" Техническа обезпеченост можеше да се реализира по доста способи. Налични са изцяло автоматизирани платформи за диагностика на вирусен геном с потенциал от 1800 теста за 8 часа. Реално два такива апарата можеха да обезпечат потребността от PCR проби за България, изхождайки от статистиката. Фокусът на страната обаче беше доста друг и лабораториите започнаха да правят тестванията по определен от тях протокол, цена, период на осъществяване и така нататък ", сподели госпожа Месечкова.
Тя засегна и още един проблем – за какво слюнката не се употребява като проба за тестване на КОВИД?В множеството развити страни това е желана опция на назофарингеалната проба. По думите ѝ, няма никаква кардинална разлика сред слюнка и назофарингиална проба от позиция сензитивност, специфика, надеждност и годност на теста. Въпреки това, към днешна дата в България слюнката като проба се употребява изключително малко що се отнася до PCR технология.
Още от ИНТЕРЕСНО:
Източник: actualno.com
КОМЕНТАРИ