От днешна дата всеки следва да се счита за напълно

...
От днешна дата всеки следва да се счита за напълно
Коментари Харесай

Има алгоритъм за елиминацията на COVID, но не се прилага по политически причини

" От днешна дата всеки следва да се смята за изцяло неимунизиран и беззащитен, даже и да е с пресни три дози и даже и преди малко да е прекарал Коронавирус (аз си сложих трета доза предходната седмица, само че в този момент ще се наложи да мина назад от N95 маски на P100). И да се надяваме имунизациите да имат някакъв ненулев резултат, само че като се има поради по какъв начин те бяха пробити от Делта, никой не трябва да разчита на каквато и да било резултатност. Това го споделям с цялостното осъзнаване, че ще бъда упрекнат за следващ път в „ алармизъм “, само че още веднъж, изложих в детайли обстоятелствата точно с цел да видите на какво се базира това умозаключение. И дано се надяваме действителният живот да ме опровергае с по-позитивни вести. "

Това споделя в изявление за Zdrave.net Георги Маринов - молекулярен и постепенен биолог от Департамента по генетика в Университета в Станфорд. Той изяснява какво съставлява новият южноафрикански вид, до каква степен рисков е той и какъв съгласно него е методът коронавирусът да бъде погубен вечно. 
- Г-н Маринов, появи се нов вид на Коронавирус, който е прекомерно стеснителен. Какво в действителност съставлява южноафриканският вид и какъв брой по-страшен е спрямо Делта?
- Вариантът беше видян за първи път във вторник сутринта. И се получи нещо невиждано – нормално тези неща се виждат от дребната група „ ловци на разновидности “, които ги наблюдават, след което следват седмици на игнориране от необятната общност и едвам тогава стартира да им се обръща внимание (точно по този начин се получи с Делта – минаха два близо месеца сред осъзнаването на заплахата от този стеснен кръг хора и нейното по-широко признаване).
Не и в този случай – тук изминахме целия път от публикуване на първите секвенции в GISAID базата данни и предложение за нов вид в GitHub-a на PANGO, до публично обозначаване на новия вид (B.1.1.529), до заглавия в международната преса в границите на единствено 36 часа, а след още ден към този момент имаме и затваряне на граници. Което демонстрира какъв брой съществено е ситуацията и какво е равнището на нерешителност на много високо ниво.

Вариантът се е появил най-вероятно в региона към Йоханесбург и Претория в Южна Африка, където сега той движи невиждана по скоростта си четвърта вълна. Малко подтекст, с цел да се разбере какво значи това. В Южна Африка популацията е със междинна възраст под 30 години, само че страната е изгубила 0.45% от популацията си по време на пандемията (толкова е изключителната смъртност; формалната е доста по-малко, защото там множеството хора умират, без да се тестват), в някои провинции даже и 0.65%. За съпоставяне, България води в тази печална ранглиста, като е изгубила към този момент сред 0.7-0.9% от популацията си (в взаимозависимост от това какво ще покаже преброяването по отношение на знаменателя в калкулацията), само че при нас имаме застаряло население със междинна възраст 45 години.

Тази смъртност в Южна Африка е резултат на три огромни талази – една лятото на 2020 година, движена от истинския B.1 вирус, втора от края на 2020 година и началото на 2021 година, движена от новопоявилия се тогава вид B.1.351, и трета вълна от средата на 2021 година, движена от делта. Третата вълна беше толкоз огромна, колкото двете първи талази, взети дружно. Но още след първата вълна имаше сероизследвания, показващи заразяване от 20%, 30%, дори и 50-60% тук-там в страната, а след втората вълна се отчитаха стойности сред 40% и 65%.

Т.е. след Делта вълната в Южна Африка би трябвало да има малко хора, които не са прекарали към този момент Коронавирус, както и огромен брой, които са го карали повече от един път (имаше доста реинфекции още по време на втората вълна). Към това се прибавят към 30% имунизации.

В този подтекст следим невиждан по скоростта си скок на случаите (с 320% единствено за седмица в региона на Йоханесбург и Претория) и също толкоз невиждана замяна на преобладаващия вид. 
Дори на Делта беше необходим най-малко месец да стане доминантен, когато изместваше предходните разновидности, като това ставаше в популации с доста по-ниски равнища на предходно заразяване, а тук виждаме по какъв начин за по-малко от две седмици всички случаи към този момент са новият вид. По първични сметки новият вид има 500% преимущество, т.е. най-малко шест пъти по отношение на това на делта по отношение на Алфа.
Има две благоприятни условия да се изясни това.
Първо, разновидността в действителност е необикновено суперзаразен. Само че това би го направило пъти по-заразен и от дребната шарка, тъй че надали е единствено това.
Второ, разновидността демонстрира цялостна или съвсем цялостна устойчивост към съществуващия имунитет (отново приказваме за Южна Африка, където съвсем не са останали неинфектирани и неимунизирани хора) и действително сме се върнали към февруари-март 2020 година, когато за последно се следиха такива епидемиологични криви. Т.е. сега всички тези хора, които са карали Коронавирус преди или са имунизирани, се заразяват от вирус, който не се интересува изключително от това, че те имат антитела към предходните, доста разнообразни от него, версии на SARS-CoV-2.

Вероятно става дума за композиция от двете неща.
B.1.1.529 има безусловно ужасяваща композиция от разновидности, имащи отношение към избягването на съществуващия имунитет.
Но също така има и серия разновидности, за които се знае от други разновидности, че дават по-висока инфекциозност – разновидности в N протеина, които обезпечават по-ефективно „ пакетиране “ на вирусните частици, разновидности в така наречен Furin Cleavage Site (FCS) на S протеина, които водят до по-висока инфекциозност и нараснала дарба за предизвикателство на обединение на инфектирани с незаразени кафези, и разновидности, за които се подозира, че водят до по-мощна анти-интерферонна интензивност.
Дори и неприкрит черноглед като мен не предполагаше, че ще се стигне до поява на нещо такова толкоз ненадейно и от нищото, само че обстановката ескалира доста бързо и е в действителност сериозна сега – приказваме за евентуален рестарт на пандемията изначало.

- Каква е повода за възникването на новите разновидности?- По всичко наподобява, че главният механизъм за пораждане на разновидности досега са хроничните инфекции у хора с имунна непълнота. Това дава опция на вируса да еволюира в продължение на доста месеци под натиска на имунната система, която обаче не е в положение да го почисти изцяло, и по този метод да акумулира доста и разнородни разновидности. Докато в един миг удари джакпота и откри точната композиция, която да сътвори нещо в действителност чудовищно.
В поддръжка на тази концепция са няколко обстоятелството.
Първо, има серия оповестени директни проучвания върху такива пациенти, при които вирусът бива секвениран лонгитудинално (има документирани случаи на пациенти, които не могат да изчистят инфекцията и повече от година), и тъкмо това се следи – акумулация на разновидности с течение на времето.
Второ, няколко от новопоявилите се през последните 12 месеца разновидности демонстрират така наречен дълги разклонения във филогенетичното дърво, т.е. те се появяват внезапно с доста разновидности и са доста отдалечени от всички останали секвенции, без да има нищо близо до тях. Това значи, че най-вероятно не става дума за предаване на вируса през обособени хора, при което той да акумулира разновидности последователно (тъй като следователно може да се чака да се следят междинни секвенции), а тъкмо за сюжета, който описах нагоре.

Такъв беше случая и с B.1.1.7/Алфа, и с B.1.351/Бета, и с P.1/Гама, и така нататък Особено фрапантни са обаче последните два случая, които се появиха на рекордно дълги такива клонове на дървото – първо B.1.640 от Конго (Бразавил), който също имаше доста плашеща сбирка от разновидности и беше първо открит през октомври, само че той е нищо спрямо B.1.1.529.

За отбелязване е, че Делта беше изключение от това предписание, защото той се появи към този момент с много огромно генетично многообразие през цялото време, тъй че там евентуално е ставало дума за предаване сред хора, само че евентуално отново с имунна непълнота.

Трето, досега най-вече и най-дивергирали разновидности идват от южна Африка (с дребна писмен знак – страната Южна Африка ги открива първа, само че не е по никакъв начин ясно дали всички от тях са се появили за първи път в нейните граници, просто в близките страни съвсем или въобще не се секвенира, като се изключи Ботсвана) - първо B.1.351, след това C.1.2, B.1.638, в този момент и B.1.1.529. А.30 също беше заловен там, въпреки че евентуално е от Танзания. А това е районът в света, в който са съсредоточени множеството заболели от СПИН. Говорим за десетки милиони такива хора, множеството от които бяха инфектирани със SARS-CoV-2 след трите опустошителни талази, и които съставляват войска от инкубатори на нови разновидности.
Съмнително е дали B.1.1.529 ще е последният подобен вид, който ще излезе от там, по-вероятно е да ни чакат още доста неприятни изненади, в случай че не се окаже нужната помощ на тези страни да се изчистят от вируса.

- До какъв брой работят имунизациите против новите разновидности?- Няма по какъв начин да се даде цифра за успеваемостта без никакви емпирични данни, само че може да се даде подтекста на това, което се знае.
Първо, да уточним, че самият въпрос изпуска нещо доста значимо – до каква степен работят имунизациите е функционалност на това каква е имунизацията, какъв брой дози са поставени, и най-важно, какъв брой време е минало след последната доза. Протекцията за жалост трае единствено няколко месеца, защото неутрализационните титри падат доста бързо. Вече с Делта разновидността имахме голям проблем с пробивите във имунизациите.
Второ, по груби оценки, човек си губи отбраната от зараза, когато обезвреждащите му антитела паднат 5 пъти под междинното равнище при неотдавна преболедувалите. Защитата от тежко протичане се губи след по-нататъшно намаляване, от порядъка на 20-30 пъти. Като РНК имунизациите индуцират няколко пъти по-високи антитела от тези след преболедуване.
Спрямо B.1.351/Бета разновидността неутрализацията спадна към 8 пъти единствено от смяната на антигенните свойства на вируса. B.1.351 имаше три разновидности в RBD - K417N, E484K и N501Y.
Спрямо колумбийския вид B.1.621/Мю, редукцията е 12 пъти. RBD разновидностите при B.1.621 са R346K, E484K и N501Y. В последните месеци се появи по-мутирала версия на B.1.621, с спомагателна Y449N разновидност, само че тя не е измервана непосредствено.

Спрямо C.1.2 редукцията е 1.7 пъти повече от тази при B.1.621 - беше измерена на друга канара, тъй че нямаме непосредствено сравнимо число, само че можем да предположим най-малко 15 пъти. Със сигурност повече от B.1.621/Мю. Там разновидностите са Y449H, E484K и N501Y, от време на време и плюс T478K.

Като би трябвало да се означи и че Делта разновидността има единствено две RBD разновидности - L452R и T478K. В NTD има съвсем цялостна загуба на неутрализация, само че това е по този начин за множеството разновидности - NTD е доста еластичен и там е елементарно да се еволюира устойчивост. При Делта главният механизъм на продупчване на имунизациите е най-вероятно скоростта на репликацията и скриването от имунната система посредством образуването на синцитиуми, която разрешава на вируса да се намножи доста бързо до равнища, на които адаптивния имунен отговор не може да насмогне.

B.1.640 има пет разновидности - R346S, N394S, Y449N, F490R, N501Y. Той не е измерван непосредствено, единствено че е несъмнено, че е доста по-резистентен от C.1.2, просто на база количеството и позицията на разновидностите (F490S е главната резистентна разновидност при C.37/Ламбда разновидността от Перу).
След тази дълга въведения, ето сбирката от RBD разновидности в новия вид: S371L; S373P; S375F; K417N; N440K; G446S; S477N; T478K; E484A; Q493K; G496S; Q498R; N501Y; Y505H.
Общо 14 на брой!
Имаме T478K от Делта, K417N, E484 и N501Y разновидности (каквито има в Бета и други варианти), плюс още доста. За някои от тях се знае не малко. N440K е още една резистентна разновидност, която се наблюдаваше преди в няколко от по-малко известните разновидности по света, същото важи и за S477N. G446S и G496S също са резистентни разновидности, това се знае от инвитро проучвания, само че те досега не са дефинирали разновидности. За разновидностите към позиции 370-375 не се знае нищо.

Но Q493K и Q498R са добре изследвани преди инвитро и за тях се знае, че са мощно резистентни към антителата, формирани по отношение на истинския вирус, като в същото време в точната композиция могат да покачат афинитета към ACE2 рецептора към хиляда пъти. Даже беше тайнственост за какво едвам в този момент се появява вид с тях – очакваше се това да стане от дълго време (но несъмнено не тъкмо в тази форма).
Т.е. имаме голям брой разновидности във всеки от трите обезвреждащи RBD епитопа. NTD също е обезвреден изцяло – там имаме A67V, del69-70 (поради която делеция една от PCR пробите не работи, което разрешава разновидността да се следи и без секвениране), T95I, G142D, del143-145, del211/L212I, и ins214EPE.

Има и още нещо значимо: неотдавна беше изследвана крос-неутрализацията сред B.1.351/Бета и Делта разновидностите. И се оказа, че човек, който преди е преболедувал Делта, обезврежда Бета с 34 пъти редукция, т.е. за него Бета е съвсем нов вирус. Този сюжет не го видяхме в действителния живот, защото Бета изчезна, само че лабораторните резултати са справедливи и действителни.
Това са обстоятелствата.

На тяхна база единственото рационално умозаключение е – от днешна дата всеки следва да се смята за изцяло неимунизиран и беззащитен, даже и да е с пресни три дози и даже и преди малко да е прекарал Коронавирус (аз си сложих трета доза предходната седмица, само че в този момент ще се наложи да мина назад от N95 маски на P100). И да се надяваме имунизациите да имат някакъв ненулев резултат, само че като се има поради по какъв начин те бяха пробити от Делта, никой не трябва да разчита на каквато и да било резултатност.

Това го споделям с цялостното осъзнаване, че ще бъда упрекнат за следващ път в „ алармизъм “', само че още веднъж, изложих в детайли обстоятелствата точно с цел да видите на какво се базира това умозаключение.
И дано се надяваме действителният живот да ме опровергае с по-позитивни вести.

- Защо имунизациите не образоват организма по какъв начин да се оправя с ковид, а се постанова регулярно да подтикваме основаване на антитела посредством имунизация?- Има вируси, които са по-силни от адаптивния имунитет. HIV е класическият образец, само че доста от респираторните такива също имат това свойство, дори множеството. Примерно хората се реинфектират с RSV даже единствено 3-4 месеца след преболедуване.
Коронавирусите също са в тази категория. Трябва постоянно да се помни, че в случай че се създаваше дълготраен имунитет към тях, те щяха доста от дълго време да са изчезнали измежду прилепите – всички прилепи в колонията се заразяват, основава се стаден имунитет, и след това какво става? По сюжета, по който хората се прилъгваха да имат вяра последните 20 месеца, че вирусът изчезва. Само че коронавирусите съжителстват с прилепите към този момент милиони години. Как е станало това?
Конкретно при SARS-CoV-2 става въпрос за композиция от антигенен дрифт (за който приказвах по-горе) и скорост на репликация – да, кафези на паметта има, само че на тях им лишава няколко дни да се задействат, а през това време върви мощна експоненциална репликация. Съответно единственото нещо, което в действителност пази, са високите равнища на към този момент съществуващите обезвреждащи антитела. Само че тези антитела спадат доста бързо и тогава отбраната се губи.

- Може ли да бъде погубен Коронавирус вечно и по какъв метод в случай, че коронавирусът е зооноза вирус и е съществувал постоянно в природата?- Този мотив е неуместен.SARS коронавирусите съществуваха в природата и преди пандемията. Както и MERS, Ебола, Марбург, и какво ли още не, само че никой досега не ни споделяше, че би трябвало „ да се научим да живеем с тях “, нали по този начин?
Елиминацията на Коронавирус е механически доста добре дефиниран и изцяло решен проблем – би трябвало да се разпознават всички инфектирани, след което да се изолират, до момента в който те изчистят вируса, и да се блокират пътищата за неговото наново внасяне. Знаем по какъв начин да го създадем, още повече, че в този момент имаме ваксини и антивирусни препарати, които да ни оказват помощ (примерно хапчето на Пфайзер би помогнало доста за изчистването на вируса при хроничните случаи). Но ние отхвърляме да използван добре открития и обезпечен да проработи логаритъм за постигането на тази цел, по политически аргументи.
Което, първо, е действително преднамерено всеобщо ликвидиране на милиони, и второ, подсигурява, че пандемията в никакъв случай няма да свърши. Ако развитията от последните няколко дни не убедят всички в това, не знам какво ще може да го направи.

- Какъв е логаритъмът за цялостно заличаване на вируса?- Затваряне на границите сред всички страни като се изключи безусловно наложителния транспорт; делене на самите страни на райони, сред които не може да се пътува; цялостен локдаун по китайски; всеобщо тестване на всички, с цел да се намерят всички заразени; изолираност на инфектираните (не по домовете им, а в центрове за това – особено издигнати, в хотели, лечебни заведения и т.н.); повторение на тестването до момента в който даден регион не се изчисти; обединение на „ зелените “ региони след най-малко 2-3 седмици на нула случаи в тях; отваряне на границите сред „ зелените “ страни, в които е реализирана цялостна елиминация. Това се прави в Китай, когато има огнища.
- Каква е повода този ковид да е толкоз гибелен за индивида? -Всъщност мистерията е тъкмо противоположната – за какво Коронавирус е толкоз лек. SARS-1 от 2003 година беше 10 пъти по-смъртоносен, макар че S протеинът на SARS-2 e доста по-мощен в подтекста на човешкия организъм. А досега всяко едно „ усъвършенстване ” на S протеина в хода на пандемията води до по-висока смъртност. Т.е. постанова се заключението, че останалата част на вируса е по-немощна в битката си с имунната система (един стабилен резултат, репродуциран от голям брой проучвания, който евентуално изяснява огромна част от тази разлика, е, че SARS-1 демонстрира доста по-мощна анти-интерферонна интензивност, въпреки че не е изцяло ясно към момента кои тъкмо вирусни протеини обуславят тези различия).
Иначе механизмът на патогенезата е на две равнища – непосредствено клетъчно увреждане от вируса, който има доста необятен тропизъм в тялото, защото ACE2 рецепторът е експресиран в доста от вътрешните органи, и, което наподобява е по-важното, има няколко механизма, посредством които се получава хиперактивация и дисрегулация на личната имунна система, която след това нанася множеството провали. И след това остава при доста хора в трайно положение на дисрегулация, откъдето и идват дълготрайните автоимунни проблеми.
създател: Надежда Ненова, Zdrave.net

СПОДЕЛИ СТАТИЯТА


Промоции

КОМЕНТАРИ
НАПИШИ КОМЕНТАР