Основан през 1889 г., когато Княз Фердинанд представя своите колекции

Основан през 1889 година, когато Княз Фердинанд показва своите сбирки от препарирани птици, бозайници и пеперуди, през днешния ден музеят е най-богатият от природонаучните музеи на Балканския полуостров с съвсем милион и половина музейни единици - мостри от международното естествено завещание.