Дзержински е основател и пръв председател на Всеруската извънредна комисия

Дзержински е създател и пръв ръководител на Всеруската изключителна комисия за битка с контрареволюцията и саботажа при държавното управление на Съветска Русия – болшевишката загадка полиция с в началото име Всерусийска изключителна комисия (ВЧК), по-известна единствено като ЧК (Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем при СНК РСФСР), предшественичка на бъдещия Комитет за държавна сигурност на Съюз на съветските социалистически републики (по-известен като КГБ).

Като началник на ВЧК Дзержински употребява методите на работа на тайната работа („ охранката “) на Имперска Русия. Под негово управление те непрестанно се усъвършенстват и ползват, както в контраразузнаването, по този начин и във външното разузнаване.

Бързо осъзнал неналичието на какъвто и да е надзор от страна на Совнаркома върху активността на ВЧК, Ф. Е. Джержински става иноватор в провокационните операции, представляващи основаване на подправени организации, имитиращи контрареволюционна активност с оглед привличане и след това арестуване и очистване на антисъветските детайли. Най-известните негови интервенции на които той е основател и началник са „ Тръст “ и Оперпут ". Чрез тях ВЧК прониква надълбоко в останалите в Съюз на съветските социалистически републики контрареволюционни групи, както и в емигрантските кръгове на съветското дворянство в чужбина. Имитацията на подготовка на контрареволюционно въстание в Болшевишка Русия е съвършена и заблудата е толкоз огромна, че сътрудниците на ВЧК съумяват да примамят бележити дейци на контрареволюцията да се завърнат в Съюз на съветските социалистически републики с оглед да „ оглавят битката “, при което незабавно са задържани, множеството от тях са измъчвани при разпит в подземията на Лубянка и в последна сметка са премахнати.

Характерно за активността на Джержински е, че като безвъзвратен жалон в активността си слага своята безкомпромисна себеотдайност на олтара на революционната победа. Някои модерни откриватели смятат, че този негов прийом е заимстван от възпитанието му за йезуит в ученическите му години. В историята на „ тайния фронт “ той въздига провокационната активност на междудържавно равнище. По-късно след гибелта му цялата методология по инспирирането на „ революционни обстановки “, организацията на „ национални и антиимпериалистически фронтове “ и обвързваните с тях „ дейни мероприятия “ публично са провъзгласени на VІ пленум на Коминтерна като държавна политика на Съюз на съветските социалистически републики.

За своята почтеност и непоквареност, а може би и поради нечовешката си свирепост, си печели прозвището Железния Феликс. Почива от инфаркт след развълнувано съвещание. Погребан е в Некропола при Кремълската стена.