Доц. Атанасова обясни с какви тестове заменят PCR-ите в САЩ
Доц. доктор Мария Атанасова е учител в Катедрата по Микробиология и имунология на Медицински университет-Пловдив. Тя е и началник на Лабораторията по вирусология към УМБАЛ „ Св. Георги “ - Пловдив, в която се правят проучвания за COVID-19. Има две специалности – по микробиология и по вирусология.
- Доц. Атанасова, какво значи решението на Щатите, съгласно което се прекратява потреблението на PCR проби за разкриване на ковид от началото на идната година?
- Това е една информация, която за жал се популяризира с неправилно интерпретиране в медиите и в обществените мрежи и внесе комплициране измежду неспециалистите. В реалност става дума за решение от 21.07.2021 г на Центровете за надзор и предварителна защита на заболяванията (CDC), свързани с публичното опазване на здравето в Съединени американски щати, за отдръпването след 31 декември 2021 година настояването за позволение за незабавна приложимост на PCR проби за разкриване на SARS-CoV-2, само че не тъй като те са ненадеждни, а заради създаването на по-нови PCR проби, с благоприятни условия за диагностика и на други респираторни инфекции.
Най-масово употребяваните PCR проби в COVID-лабораториите диагностицират само вируса-причинител SARS-CoV-2. С тях може да се удостовери или изключи COVID-19 зараза, само че с цел да се диагностицира например грип, е нужен обособен тест. Причината за това е, че грипните вируси имат друга генетична конструкция от тази на SARS-CoV-2 и тя не може да се открие посредством PCR тест за COVID-19. Ето за какво, отчитайки, че следва грипен сезон, CDC предлагат на диагностичните лаборатории да изберат различен тест, утвърден от FDA, основан на мултиплексния PCR способ . Това е кардинално същият молекулярно-генетичен способ, само че с благоприятни условия за разкриване и диференциране на SARS-CoV-2 и на грипни вируси.
С други думи рекомендацията на CDC се прави не тъй като PCR тестванията за разкриване на COVID-19 имат някакви дефекти, а тъй като има към този момент създадени проби, които единствено в единична проба назофарингеален секрет от пациента могат да открият повече от един патоген. Отварям една скоба, с цел да допълня, че съществуват и то не от през вчерашния ден, мултиплексни PCR проби, които могат в една проба носен или пълнозвучен секрет за по-малко от час да открият към 20 причинителя на инфекции на респираторния тракт – вируси, бактерии и гъбички. С съвременна, високоавтоматизирана инсталация за мултиплексно PCR тестуване, обезпечена в Катедрата по микробиология и имунология от управлението на Медицински университет-Пловдив, наши докторанти организират научни проучвания, доказвайки, че нерядко инфекциите на дихателния тракт могат да бъдат и смесени (наричат се коинфекции) – с присъединяване на вируси и бактерии или на повече от един вирус, а в някои случаи се включват и гъбички. Ето за какво е забавно да се наблюдава дали пациенти с COVID-19 може да са коинфектирани, да вземем за пример със сезонните грипни вируси.
Връщайки се на известието на CDC, там се акцентира, че мултиплексните PCR разбори биха икономисали време и запас в сезона на грипа. Така че няма нищо сензационно, както и нищо, което компрометира наличните PCR проби.
Цялата достоверна информация може да се прочете от първоизточника:
https://www.cdc.gov/csels/dls/locs/2021/07-21-2021-lab-alert-Changes_CDC_RT-PCR_SARS-CoV-2_Testing_1.html
- Какви са преимуществата и минусите на PCR диагностиката?
PCR – полимеразната верижна реакция, е все още най-бързият и меродавен способ за диагностициране на редица вирусни (бактериални, микотични) причинители на болести. Принципът на метода е доказване на характерни, неповторими за дадения микроорганизъм гени непосредствено в клиничен материал от пациента. Както е известно, при COVID-19 най-често материалът е кафези от носогърлената лигавица, защото при инфектираните вирусът е в доста количество точно там – на входната врата на инфекцията. Разработени са PCR проби, които правят установяване на един, два и даже три характерни гени на SARS-CoV-2. Тези прицелни гени се намножават с помощта на ензим полимераза в милиони копия и по този начин може да се открие даже доста малко количество от вируса в материала. Специфичността и откриването на даже единични копия от гените са огромните преимущества на метода, довели до бурното му нахлуване доста нашироко в диагностиката освен на инфекциозните болести, само че и в области като генетика, онкология и други
Разбира се, и PCR пробата си има своите ограничавания в лабораторната диагностика на инфекциозни причинители, защото не открива цялостен микроорганизъм, а избрани, въпреки и неповторими за него гени. В обособени случаи те може да съставляват арестувани в клетките молекулярни останки от патогена, например при оздравяващ субект, който не отделя към този момент цялостен заразен вирус, т.е. – не е рисков за близките. Затова за златен стандарт във вирусологията е признато изолирането от болния на самия вирус-причинител. Това става най-много посредством обработване (посявка) на тестът върху клетъчни култури – размножението на вируса в тях е доказателство за неговата жизнеспособност и заразност. Този способ обаче е безценен, трудоемък и времеемък, по тази причина е използван единствено с научни цели, само че не и за рутинната диагностика, която изисква бързо и елементарно осъществяване.
- Има ли налични други възможности на PCR тестванията за идентифициране на инфектираните?
- Към момента PCR методът, когато се интерпретира в подтекста на клиничната картина на болния, както и в корелация с епидемиологичната конюнктура, остава номер едно в диагностиката на SARS-CoV-2. Алтернативното потребление на бързите антигенни проби не се дължи на някакви дефекти на PCR като способ, а на обстоятелството, че са по-евтини, по-лесно се извършват, не изискват инсталация, могат да се правят и от неспециалисти, защото са налични и в аптеките. Но те не са аналог на PCR теста . При тях се откриват други структури на вируса – протеинови антигени (най-често така наречен нуклеокапсиден антиген навътре в вируса), без да бъдат авансово намножавани . Поради това макар, че се усъвършенстваха доста и са с висока специфика, чувствителността им е по-ниска от тази на PCR .
- До каква степен другите типове разбори са надеждни и носят ли опасности за пропуски в отчитането на позитивните проби?
- Рисковете за диагностични пропуски касаят по-скоро интерпретацията на негативните резултати на антигенните проби. Принципно потреблението на такива проби е най-подходящо при лица, които имат признаци, подозрителни за COVID-19. Когато е налице клинична симптоматика, вирусът нормално е в доста количество и това преодолява по-ниската сензитивност на антигенния тест. Предвид положителната им специфика, при положителен антигенен тест, резултатът може да се преглежда като меродавен. Поради това той се записва и в Националната осведомителна система за COVID-19. На пазара обаче са налични антигенни проби с друго качество. Някои от тях, даже при пациенти с очевидни признаци на болестта, могат да дадат фалшиво-отрицателни резултати. Ето за какво при всички съмнителни случаи и по-точно когато има симптоматика и отрицателен антигенен тест, е належащо да се ползва по-чувствителния PCR, който в тази ситуация има роля на утвърдителен.
- Има ли настройки и в други страни в този момент употребяваните PCR технологии да отпаднат?
- Засега това е рекомендация единствено на CDC в Съединените щати. И отново да повторя, че в действителност не става въпрос за отпадане на PCR като технология, а за това, че там насочват вниманието си освен към диагностициране на SARS-CoV-2, само че и на грипните вируси – посредством мултиплексен PCR. Такава рекомендация за момента не е направена от Европейския център за надзор и предварителна защита на заболяванията (ECDC) или от българските здравни управляващи. Засега в Лабораторията по вирусология при УМБАЛ „ Св. Георги “ – Пловдив правим проучванията за COVID-19 и за грип А и В с обособени проби, само че имаме нужния капацитет – инсталация и готови експерти, както и схващане и поддръжка от страна на болничното управление, при нужда да преминем към мултиплексен PCR за едновременна диагностика на SARS-CoV-2 и грип.
- Доц. Атанасова, какво значи решението на Щатите, съгласно което се прекратява потреблението на PCR проби за разкриване на ковид от началото на идната година?
- Това е една информация, която за жал се популяризира с неправилно интерпретиране в медиите и в обществените мрежи и внесе комплициране измежду неспециалистите. В реалност става дума за решение от 21.07.2021 г на Центровете за надзор и предварителна защита на заболяванията (CDC), свързани с публичното опазване на здравето в Съединени американски щати, за отдръпването след 31 декември 2021 година настояването за позволение за незабавна приложимост на PCR проби за разкриване на SARS-CoV-2, само че не тъй като те са ненадеждни, а заради създаването на по-нови PCR проби, с благоприятни условия за диагностика и на други респираторни инфекции.
Най-масово употребяваните PCR проби в COVID-лабораториите диагностицират само вируса-причинител SARS-CoV-2. С тях може да се удостовери или изключи COVID-19 зараза, само че с цел да се диагностицира например грип, е нужен обособен тест. Причината за това е, че грипните вируси имат друга генетична конструкция от тази на SARS-CoV-2 и тя не може да се открие посредством PCR тест за COVID-19. Ето за какво, отчитайки, че следва грипен сезон, CDC предлагат на диагностичните лаборатории да изберат различен тест, утвърден от FDA, основан на мултиплексния PCR способ . Това е кардинално същият молекулярно-генетичен способ, само че с благоприятни условия за разкриване и диференциране на SARS-CoV-2 и на грипни вируси.
С други думи рекомендацията на CDC се прави не тъй като PCR тестванията за разкриване на COVID-19 имат някакви дефекти, а тъй като има към този момент създадени проби, които единствено в единична проба назофарингеален секрет от пациента могат да открият повече от един патоген. Отварям една скоба, с цел да допълня, че съществуват и то не от през вчерашния ден, мултиплексни PCR проби, които могат в една проба носен или пълнозвучен секрет за по-малко от час да открият към 20 причинителя на инфекции на респираторния тракт – вируси, бактерии и гъбички. С съвременна, високоавтоматизирана инсталация за мултиплексно PCR тестуване, обезпечена в Катедрата по микробиология и имунология от управлението на Медицински университет-Пловдив, наши докторанти организират научни проучвания, доказвайки, че нерядко инфекциите на дихателния тракт могат да бъдат и смесени (наричат се коинфекции) – с присъединяване на вируси и бактерии или на повече от един вирус, а в някои случаи се включват и гъбички. Ето за какво е забавно да се наблюдава дали пациенти с COVID-19 може да са коинфектирани, да вземем за пример със сезонните грипни вируси.
Връщайки се на известието на CDC, там се акцентира, че мултиплексните PCR разбори биха икономисали време и запас в сезона на грипа. Така че няма нищо сензационно, както и нищо, което компрометира наличните PCR проби.
Цялата достоверна информация може да се прочете от първоизточника:
https://www.cdc.gov/csels/dls/locs/2021/07-21-2021-lab-alert-Changes_CDC_RT-PCR_SARS-CoV-2_Testing_1.html
- Какви са преимуществата и минусите на PCR диагностиката?
PCR – полимеразната верижна реакция, е все още най-бързият и меродавен способ за диагностициране на редица вирусни (бактериални, микотични) причинители на болести. Принципът на метода е доказване на характерни, неповторими за дадения микроорганизъм гени непосредствено в клиничен материал от пациента. Както е известно, при COVID-19 най-често материалът е кафези от носогърлената лигавица, защото при инфектираните вирусът е в доста количество точно там – на входната врата на инфекцията. Разработени са PCR проби, които правят установяване на един, два и даже три характерни гени на SARS-CoV-2. Тези прицелни гени се намножават с помощта на ензим полимераза в милиони копия и по този начин може да се открие даже доста малко количество от вируса в материала. Специфичността и откриването на даже единични копия от гените са огромните преимущества на метода, довели до бурното му нахлуване доста нашироко в диагностиката освен на инфекциозните болести, само че и в области като генетика, онкология и други
Разбира се, и PCR пробата си има своите ограничавания в лабораторната диагностика на инфекциозни причинители, защото не открива цялостен микроорганизъм, а избрани, въпреки и неповторими за него гени. В обособени случаи те може да съставляват арестувани в клетките молекулярни останки от патогена, например при оздравяващ субект, който не отделя към този момент цялостен заразен вирус, т.е. – не е рисков за близките. Затова за златен стандарт във вирусологията е признато изолирането от болния на самия вирус-причинител. Това става най-много посредством обработване (посявка) на тестът върху клетъчни култури – размножението на вируса в тях е доказателство за неговата жизнеспособност и заразност. Този способ обаче е безценен, трудоемък и времеемък, по тази причина е използван единствено с научни цели, само че не и за рутинната диагностика, която изисква бързо и елементарно осъществяване.
- Има ли налични други възможности на PCR тестванията за идентифициране на инфектираните?
- Към момента PCR методът, когато се интерпретира в подтекста на клиничната картина на болния, както и в корелация с епидемиологичната конюнктура, остава номер едно в диагностиката на SARS-CoV-2. Алтернативното потребление на бързите антигенни проби не се дължи на някакви дефекти на PCR като способ, а на обстоятелството, че са по-евтини, по-лесно се извършват, не изискват инсталация, могат да се правят и от неспециалисти, защото са налични и в аптеките. Но те не са аналог на PCR теста . При тях се откриват други структури на вируса – протеинови антигени (най-често така наречен нуклеокапсиден антиген навътре в вируса), без да бъдат авансово намножавани . Поради това макар, че се усъвършенстваха доста и са с висока специфика, чувствителността им е по-ниска от тази на PCR .
- До каква степен другите типове разбори са надеждни и носят ли опасности за пропуски в отчитането на позитивните проби?
- Рисковете за диагностични пропуски касаят по-скоро интерпретацията на негативните резултати на антигенните проби. Принципно потреблението на такива проби е най-подходящо при лица, които имат признаци, подозрителни за COVID-19. Когато е налице клинична симптоматика, вирусът нормално е в доста количество и това преодолява по-ниската сензитивност на антигенния тест. Предвид положителната им специфика, при положителен антигенен тест, резултатът може да се преглежда като меродавен. Поради това той се записва и в Националната осведомителна система за COVID-19. На пазара обаче са налични антигенни проби с друго качество. Някои от тях, даже при пациенти с очевидни признаци на болестта, могат да дадат фалшиво-отрицателни резултати. Ето за какво при всички съмнителни случаи и по-точно когато има симптоматика и отрицателен антигенен тест, е належащо да се ползва по-чувствителния PCR, който в тази ситуация има роля на утвърдителен.
- Има ли настройки и в други страни в този момент употребяваните PCR технологии да отпаднат?
- Засега това е рекомендация единствено на CDC в Съединените щати. И отново да повторя, че в действителност не става въпрос за отпадане на PCR като технология, а за това, че там насочват вниманието си освен към диагностициране на SARS-CoV-2, само че и на грипните вируси – посредством мултиплексен PCR. Такава рекомендация за момента не е направена от Европейския център за надзор и предварителна защита на заболяванията (ECDC) или от българските здравни управляващи. Засега в Лабораторията по вирусология при УМБАЛ „ Св. Георги “ – Пловдив правим проучванията за COVID-19 и за грип А и В с обособени проби, само че имаме нужния капацитет – инсталация и готови експерти, както и схващане и поддръжка от страна на болничното управление, при нужда да преминем към мултиплексен PCR за едновременна диагностика на SARS-CoV-2 и грип.
Източник: marica.bg
КОМЕНТАРИ