След което продължава като аспирант в Института по онкология. От 1960

След което продължава като аспирант в Института по онкология.

От 1960 година поредно става теоретичен помощник, старши теоретичен помощник, професор, шеф на Националния онкологичен център.

През 1990 година е министър на опазването на здравето . В интервала 2000 година - 2009 година е член на Съвета на шефовете на Специализираната болница за интензивно лекуване по онкология.

От 2000 година до 2006 година е Национален съветник по онкологи я. От 2006 година е член на Висшия медицински съвет към Министерство на здравеопазването.

Проф. Черноземски оглявяваше редица наши и интернационалните органиции:
председател на Българския народен комитет на УНИЦЕФ (1990-97 г.) (почетен ръководител от 1997 г.); председател на Фонда за лекуване на деца в чужбина (2004-2010 г.); член на Фондация " 21 век " (1997-1999 г.); председател на Фондация " Борба с рака ", от 2006 г. председател на настоятелството на Международна изследователска фондация " Хасуми-България ". от 1974 година до 2006 година е специалист на Световната здравна организация в Международната организация за битка с рака в интервала 1991 - 1992 година е вицепрезидент на Европейското бюро на Световната здравна организация. през 2005 година основава и управлява клуб " Млад онколог ".
Проф. Черноземски е притежател на ордени " Стара планина " Първа степен, на " Кирил и Методий " Първа степен, на оценката " Лекар на България ", " Медик на годината за повсеместен принос в битката с онкологичните болести ". През 2012 година министърът на опазването на здравето връчи на проф. доктор Иван Черноземски, присъдения от СБАЛ по онкология, Златен орден за повсеместен принос в региона на онкологията.

Проф. Черноземски има специализации в Амстердам (1965), Лондон (1968-1970); Лион (1982); Бетезда, Съединени американски щати (1988)  и над 200 публикации в разнообразни профилирани медицински издания и голям брой монографии.