От септември 1960 г. е студент в Духовната академия Св.

От септември 1960 година е студент в Духовната академия " Св. Климент Охридски " в София, която приключва през 1964 година По време на своето следване там, на 1 април 1961 година, в мъглижкия манастир " Св. Николай " е постриган в монашество с името Йоаникий от Старозагорския митрополит Климент под духовното старчество на архимандрит Герасим (по-късно Браницки епископ). На 28 август същата година в храма " Успение Богородично " в Пазарджик е ръкоположен в йеродяконски чин от Главиницкия свещеник Стефан викарий на Пловдивския митрополит (по-късно Великотърновски митрополит).

На 17 март 1963 година в параклиса на Духовната академия " Св. Климент Охридски " в София е ръкоположен за йеромонах от тогавашния ректор Макариополски свещеник Николай.

От 14 октомври 1964 година до 1966 година йеромонах Йоаникий е на богословска специализация в Московската духовна академия. След завръщането си в България, от 1 август 1966 година е назначен за протосингел на Сливенската митрополия. По време на това негово служение на 24 ноември 1968 година, по решение на Светия синод в сливенския катедрален храм " Св. Димитър " е въведен в архимандритско достолепие от Сливенския митрополит Никодим.

От края на 1968 година архимандрит Йоаникий е протосингел на Старозагорската митрополия.

От 14 октомври 1970 година до 10 декември 1971 година той е на научна специализация в Старокатолическия богословски факултет в град Берн, Швейцария. От края на декември 1971 година наново е протосингел на Сливенската митрополия, която служба заема до април 1975 година Като подобен, на 20 април 1975 година в патриаршеската катедрала " Св. Александър Невски " е хиротонисан в епископски ранг с купата " Велички " и е назначен за викарий на Сливенския митрополит Никодим, който пост заема до края на януари 1980 година

На 23 март 1980 година е определен, а на 13 април същата година е и канонически одобрен за Сливенски митрополит.

Вижте изявление със сливенския митрополит Йоаникий преди две години.