Над 20 години е работил в Министерството на отбраната като

Над 20 години е работил в Министерството на защитата като е минал през разнообразни длъжности и структури в министерството – основен специалист, шеф на отдел, заместник-директор на дирекция „ Политика за сигурност и защита “, шеф на дирекция " Международно съдействие ", шеф на кабинета на министъра на защитата.

Божилов има магистърска степен по политология от Московския държавен университет и магистърска степен по право от Университета за национално и международно стопанство. Има приключени курсове и специализации в Женевския център за политика за сигурност, Европейския център за проучвания по сигурността Джордж Маршал, Германия и Колежа на НАТО в Рим.

Йордан Божилов е създател и първи ръководител на организацията „ Софийски конгрес за сигурност “, която се специализира в проучвания и образуване на събития в региона на сигурността, защитата и интернационалните връзки.