Какво знаем за новия щам SARS-CoV-2 VUI 202012/01?
През последните няколко седмици в Обединеното кралство се следи бързо повишаване на новите случаи на COVID-19. На места болните от 100 на 100 000 души са се нараснали до 400 на 100 000 души. Правителството там е въвело стратегия за всеобщо секвениране (прочитане на генетична информация) на вирусна геномна РНК, изолирана от до 10% от новите случаи, написа 6nine.net. Това дава богата база данни, която може да се употребява за следене на еволюцията на вируса. Анализът на данните демонстрира, че огромна част от болните са били инфектирани с вариант, който принадлежи към нов филогенетичен клъстер. Вариантът е бил наименуван s SARS-CoV-2 VUI 202012/01 – (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01).
Според наличните данни до 13 декември 2020 са разпознати 1108 индивида, инфектирани с новия вариант. Най-ранно разпознатият е от 20 септември. Щамът за момента има локално разпространяване в избрани територии в Обединеното кралство, само че точно на него се дължи бързото увеличение на новите случаи в точно тези територии. Има потвърдени случаи и в други страни – 9 случая в Дания, един случай в Нидерландия, един случай в Австрия. Именно бързото разпространяване на новия вариант наложи стягане на ограниченията в Кралството.
Генетика на новия вариант
Характерното за новия вариант е, че има голям брой разновидности изключително (но не и единствено) в региона на S шипчестия лекомислен протеин. Това са няколко делеции (премахване на нуклеотиди) на позиции 69-70 и 144 и разновидности N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Смята се, че най-значима разновидност е N501Y. Това е дребна смяна в секвенцията, кодираща рецептор свързващия домен на шипчестия протеин. Смята се, че тази смяна укрепва афинитета на протеина към ACE2 (ангиотензин конвертиращ ензим 2). Тоест посредством тази разновидност вируса се свързва по-лесно с клетките на гостоприемника, което би обяснило и неговото по-лесно разпространяване.
Трябва да се означи, че когато се приказва за нов вариант, в действителност става дума за голям брой близкородствени и сходни вариации, обединени в нов клъстер. В този ред на мисли изолираните вариации от Дания и Нидерландия са част от този клъстер, носят основните разновидности, само че имат и своите разлики. Те са хомолози и демонстрират, че сред обособените страни е имало транспорт на тези разновидности. Новите разновидности се разграничават от главния Ухан вариант с цели 29 нуклеотида. Но не би трябвало да забравяме, че за вирусите сходна висока неопределеност е много присъща.
Епидемиология на новите разновидности
Макар бързото разпространяване на новите разновидности в Англия, положителните вести са, че не се вижда по-висока смъртност от към този момент откритата. Случаите с VUI 202012/01 се откриват все още главно измежду хора под 60 годишна възраст. Статистически разбори демонстрират, че там където се следят новите разновидности, разпространяването на вируса е доста по-интензивно, което подсказва, че новите разновидности са евентуално по-инфекциозни. Личното мнение на епидемиолозите е, че щом до този миг не са забелязали покачване на смъртността, евентуално причиняваното заболяване няма да протича по-тежко, само че следва това да бъде потвърдено емпирично. Смята се (или по-скоро се надяваме) и че имунизациите ще дават отбрана и срещи новия клъстър от вируси.
За произхода на вируса все още има единствено догатки. Отхвърля се концепцията, че той е разследване от непринудено и последователно струпване на разновидности една след друга, заради съществуването на огромен брой вариации (цели 29). Отхвърля се и тезата разновидностите да са резултат от напън от имунизационните акции. Възможно е този вариант да е зародил в пациент с намалена имунокомпетентност и удължено протичане на болестта, което е към този момент следено. В тези условия вирусът може да остане деен по-дълго време и да добие повече промени. Друга опция е новите разновидности да са зародили след възпаление на възприемчиви диви или домашни животни, които в следствие са заразили още веднъж хора. Така са зародили две нови разновидности след възпаление на норки в Дания – делеция 69-70 и разновидност Y453F.
Поради новите разновидности е допустимо наличните qPCR методики за диагностика да се трансформират. Делеция 69-70 може да попречи на PCR реакцията, което да докара до подправен негатив при разбор на база гена за S повърхностния протеин. Има разказани такива случаи. Смята се, че съответно тази разновидност е следена в голям брой страни в Европейски Съюз и не е присъща единствено за новия открит клъстер. Положителното е, че доста малко qPCR методики се основават единствено и само на гена за S повърхностния протеин.
Макар да има изказани отзиви, че новите вариации няма да трансформират успеваемостта на основаните ваксини, въпреки всичко е нужно да се извършат още проучвания, с цел да се стигне до консенсусно мнение. Тъй като разновидностите в гена, кодиращ S повърхностния протеин са чести, би трябвало да има непрекъснат мониторинг посредством секвениране на циркулиращите варианти.
Експертите поучават да се съблюдават строго немедикаментозните ограничения за ограничение на новите вариации – носене на персонални защитни средства, бързо идентифициране на нови болни и тяхното уединяване, съблюдаване на отдалеченост и други. За миналата година не за пръв път се появяват клъстъри с сходни множествени разновидности. Подобен вирусен клъстер бе зародил и в Сингапур. За него бе особено, че има голям брой разновидности, измежду които и делеция 382. Това води до по умерено протичане на инфекцията и по-слабо изразени възпалителни процеси. Този клъстер бе погубен още в края на март с помощта на приложените строги ограничения.
Положителното е, че сега разполагаме с наличен инструментариум, който ни разрешава бързо идентифициране на дребни, от време на време незначителни промени в циркулиращите вируси. Преди 20 години това може би не би било допустимо и би било извънредно скъпо. Тъжното е, че въпреки в западните страни секвенирането и скринингът да са нещо фундаментално, в България едвам в този момент открихме какво е PCR, а секвенирането и анализът на генетична информация за доста лекари е към момента тъмна материя.
Според наличните данни до 13 декември 2020 са разпознати 1108 индивида, инфектирани с новия вариант. Най-ранно разпознатият е от 20 септември. Щамът за момента има локално разпространяване в избрани територии в Обединеното кралство, само че точно на него се дължи бързото увеличение на новите случаи в точно тези територии. Има потвърдени случаи и в други страни – 9 случая в Дания, един случай в Нидерландия, един случай в Австрия. Именно бързото разпространяване на новия вариант наложи стягане на ограниченията в Кралството.
Генетика на новия вариант
Характерното за новия вариант е, че има голям брой разновидности изключително (но не и единствено) в региона на S шипчестия лекомислен протеин. Това са няколко делеции (премахване на нуклеотиди) на позиции 69-70 и 144 и разновидности N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Смята се, че най-значима разновидност е N501Y. Това е дребна смяна в секвенцията, кодираща рецептор свързващия домен на шипчестия протеин. Смята се, че тази смяна укрепва афинитета на протеина към ACE2 (ангиотензин конвертиращ ензим 2). Тоест посредством тази разновидност вируса се свързва по-лесно с клетките на гостоприемника, което би обяснило и неговото по-лесно разпространяване.
Трябва да се означи, че когато се приказва за нов вариант, в действителност става дума за голям брой близкородствени и сходни вариации, обединени в нов клъстер. В този ред на мисли изолираните вариации от Дания и Нидерландия са част от този клъстер, носят основните разновидности, само че имат и своите разлики. Те са хомолози и демонстрират, че сред обособените страни е имало транспорт на тези разновидности. Новите разновидности се разграничават от главния Ухан вариант с цели 29 нуклеотида. Но не би трябвало да забравяме, че за вирусите сходна висока неопределеност е много присъща.
Епидемиология на новите разновидности
Макар бързото разпространяване на новите разновидности в Англия, положителните вести са, че не се вижда по-висока смъртност от към този момент откритата. Случаите с VUI 202012/01 се откриват все още главно измежду хора под 60 годишна възраст. Статистически разбори демонстрират, че там където се следят новите разновидности, разпространяването на вируса е доста по-интензивно, което подсказва, че новите разновидности са евентуално по-инфекциозни. Личното мнение на епидемиолозите е, че щом до този миг не са забелязали покачване на смъртността, евентуално причиняваното заболяване няма да протича по-тежко, само че следва това да бъде потвърдено емпирично. Смята се (или по-скоро се надяваме) и че имунизациите ще дават отбрана и срещи новия клъстър от вируси.
За произхода на вируса все още има единствено догатки. Отхвърля се концепцията, че той е разследване от непринудено и последователно струпване на разновидности една след друга, заради съществуването на огромен брой вариации (цели 29). Отхвърля се и тезата разновидностите да са резултат от напън от имунизационните акции. Възможно е този вариант да е зародил в пациент с намалена имунокомпетентност и удължено протичане на болестта, което е към този момент следено. В тези условия вирусът може да остане деен по-дълго време и да добие повече промени. Друга опция е новите разновидности да са зародили след възпаление на възприемчиви диви или домашни животни, които в следствие са заразили още веднъж хора. Така са зародили две нови разновидности след възпаление на норки в Дания – делеция 69-70 и разновидност Y453F.
Поради новите разновидности е допустимо наличните qPCR методики за диагностика да се трансформират. Делеция 69-70 може да попречи на PCR реакцията, което да докара до подправен негатив при разбор на база гена за S повърхностния протеин. Има разказани такива случаи. Смята се, че съответно тази разновидност е следена в голям брой страни в Европейски Съюз и не е присъща единствено за новия открит клъстер. Положителното е, че доста малко qPCR методики се основават единствено и само на гена за S повърхностния протеин.
Макар да има изказани отзиви, че новите вариации няма да трансформират успеваемостта на основаните ваксини, въпреки всичко е нужно да се извършат още проучвания, с цел да се стигне до консенсусно мнение. Тъй като разновидностите в гена, кодиращ S повърхностния протеин са чести, би трябвало да има непрекъснат мониторинг посредством секвениране на циркулиращите варианти.
Експертите поучават да се съблюдават строго немедикаментозните ограничения за ограничение на новите вариации – носене на персонални защитни средства, бързо идентифициране на нови болни и тяхното уединяване, съблюдаване на отдалеченост и други. За миналата година не за пръв път се появяват клъстъри с сходни множествени разновидности. Подобен вирусен клъстер бе зародил и в Сингапур. За него бе особено, че има голям брой разновидности, измежду които и делеция 382. Това води до по умерено протичане на инфекцията и по-слабо изразени възпалителни процеси. Този клъстер бе погубен още в края на март с помощта на приложените строги ограничения.
Положителното е, че сега разполагаме с наличен инструментариум, който ни разрешава бързо идентифициране на дребни, от време на време незначителни промени в циркулиращите вируси. Преди 20 години това може би не би било допустимо и би било извънредно скъпо. Тъжното е, че въпреки в западните страни секвенирането и скринингът да са нещо фундаментално, в България едвам в този момент открихме какво е PCR, а секвенирането и анализът на генетична информация за доста лекари е към момента тъмна материя.
Източник: fakti.bg
КОМЕНТАРИ