Завършва богословие и още като студент започва духовен живот, както

Завършва богословие и още като студент стартира нравствен живот, както и доброволна катехизаторска работа с деца и младежи. През 1960 година е постриган за духовник от митрополита на Трикала Дионисий, в чиято епархия тогава е манастирският комплекс „ Метеора “ и в същата година е ръкоположен за йеродякон и йеромонах, а през 1961 година към този момент е подложен за свещеник на манастира „ Свето Преображение “ на „ Метеора “, където старинните манастири от дълго време са били запуснати. През тези години архим. Емилиан работи като преподавател в неделните учебни заведения, по възложение на митрополита той става епархийски просветител и изповедник. Така съумява да събере към себе си защити младежи, копнеещи за нравствен живот. До началото на 70-те години в неговия манастир се основава младо и крепко приятелство, последователно се населват и останалите манастири, изключително се ускорява и женското монашество.

Няколкото му визити в Света гора и препоръките на известни духовни старци от това време го убеждават да премине с по-голямата част от десетките към този момент монаси на „ Свето Преображение “ в Света гора, където също манастирите са останали с малко и най-вече престарели монаси. Така в края на 1973 година 39-годишният дъртак се реалокира дружно с братството си в манастира „ Симонопетра “ и там стартира да се възражда монашеският живот. Още тогава е определен за свещеник на светогорската обител. През 2000 година заради влошено здравословно положение се отдръпва от игуменството и живее в манастира „ Благовещение “ в „ Ормилия “, метох на манастира „ Ватопед “, добит по-късно от „ Симонопетра “. Там монашеският живот е съживен от монахини, духовни дъщери на стареца Емилиан, които също идват в Халкидика от Метеора.

Като свещеник на Света гора архим. Емилиан оказва огромно въздействие върху живота на светогорската общественост и способства за прекосяването на множеството манастири от идиоритмен живот към киновиен (общежителен). Известен е като практик на Иисусовата молитва и този собствен опит той разказва в съчиненията си, доста дребна част от които обаче са оповестени по време на дейната му активност. Сред тях най-известен е петтомният труд Оглашения и слова, към който последователно се прибавят още беседи, произнасяни от стареца устно. Негови съчинения са превеждани на британски, съветски, френски, румънски, сръбски, български език, написа " Двери ".

Старецът Емилиан е прочут на българските читатели с книгите си Усещане за Бога (изд. „ Омофор “),За вярата в Бога (издава древен храм „ Св. Параскева “, Пловдив) и др.