Роден е в Свищов на 22 юни 1862 година във

Роден е в Свищов на 22 юни 1862 година във възрожденската фамилия Шишманови. Учи в Педагогическото учебно заведение във Виена (1876 – 1882). Следва философия и литература в Йена (1884) и Женева (1885 – 86). През 1888 година пази докторат по философия в Лайпциг при проф. Вилхелм Вунд.
В 1888 година Шишманов е един от създателите на Висшето учебно заведение в София. Професор по всеобща литературна и културна история, както и по сравнителна литературна история. Основател е и редактор (1889 – 1902) на „ Сборник за национални умотворения, просвета и книжнина “, редактор в списание „ Български обзор “ (1893 – 1900).
От 1903 година Шишманов е министър на националното просвещение, само че при започване на 1907 година напуща кабинета заради противоречие с дейностите на държавното управление при Университетската рецесия. Още като министър на просветата той открива учебно заведение за слепи през 1906 година.
Иван Шишманов е български пълномощен министър в Украинската национална република при ръководството на Павло Скоропадски през 1918 – 1919 година Изпратен в Киев от цар Фердинанд I и по тази причина, че Шишманов е бил женен за дъщерята на украинския журналист и бунтовник Михаил Драгоманов Лидия Шишманова.
Иван Шишманов е създател и пръв ръководител на българската секция на Паневропейския съюз. Дарява част от библиотеката си на Македонското студентско сдружение „ Вардар “. Член е на Македонския теоретичен институт.
Умира в Осло на 23 юни 1928 година, на 66-годишна възраст.
Иван Шишманов е татко на Димитър Шишманов, публицист и политик, погубен от Народния съд поради работата му като основен секретар на Министерството на външните работи и по-късно като министър на външните работи.