Най-мощният суперкомпютър се включи в борбата с вируса
Изследователи от Националната лаборатория на Оук Ридж (ORNL) към Министерството на енергетиката на Съединени американски щати използваха най-мощния суперкомпютър в света IBM AC922 Summit, с цел да разпознават 77 нискомолекулни съединения
Те могат да станат основата за изработването на медикаменти против ковид. Те описаха своите резултати в публикация, оповестена в ChemRxiv.
Изследователите са моделирали над 8000 съединения, които биха могли да се свързват с коронавирусните протеини, което ги прави неспособни да заразяват клетките на гостоприемника.От тях те са избрали 77 най-ценни за последващите пробни проучвания.
Учените се интересуват по какъв начин тъкмо вируса заразява клетките на организма. Когато китайските откриватели изолираха генома на вируса, стана известно, че механизма на зараза е сходен на действието на вируса на SARS.
Джеръми Смит, шеф на Центъра по молекулярна физика към ORNL, допусна, че SARS-CoV-2 се „ закачва “ към клетките по същия метод, както означи неговият сътрудник.
След това различен негов сътрудник – Миколас Смит, построи модел на протеин, който образува шипове по повърхността като ковид (S-протеин).
Той се основава на ранни проучвания на структурата на вируса. „ Успяхме да разработим прецизен изчислителен модел въз основа на информация за вируса, която едвам неотдавна беше оповестена в литературата за този вирус “, споделя Миколас Смит.
Създаденият през 2018 година суперкомпютър Summit, е разполагаем на ORNL, и е в положение да извърши 200 квадрилиона калкулации в секунда, а това е към милион пъти повече от един междинен преносим компютър.
С него откривателите моделират молекулярната динамичност на прикрепването на разнообразни съединения към шиповете на вируса.
Те се интересуваха какви съединения могат да попречат на вируса да се прикрепи към клетките на човешкото организъм.
„ Използвайки Summit, ние класирахме тези съединения въз основа на редица критерии, свързани с това какъв брой е евентуално те да се задържат към шиповете на Sпротеина “, изяснява Миколас Смит.
Избрали са общо 77 нискомолекулярни съединения, както с неестествен, по този начин и с натурален генезис.
По време на симулацията те са се свързали с тези сектори от шиповете, които са употребявани за навлизане в човешки кафези, което значи, че тези съединения могат да попречат на инфекцията.
Джеръми Смит акцентира, че самото пресмятане е незадоволително и би трябвало да последват опити. Сега, когато те са намерили обещаващи съединения, занапред би трябвало да се учат и тестват какъв брой ефикасни ще бъдат те в реалност.
„ Summit ни беше нужен с цел да получим бързо резултати – споделя Джеръми Смит, – Отне ни няколко дни, до момента в който на елементарен компютър щяхме да се мъчим няколко месеци.
Нашите резултати не значат, че сме намерили лекарство за коронавируас. Но доста се надяваме, че нашите данни ще послужат като основа за бъдещи изследвания на тези съединения. Само тогава ще разберем дали някой от тях има характерностите, нужни за намаляване на този вирус “.
Наскоро се появи нов, по-точен модел на S-протеиновите шипове и екипът възнамерява да стартира още веднъж да пресмята въз основа на най-новите данни.
Те предизвестяват, че новите резултати могат да се разграничават от актуалните. Междувременно в Русия започнаха тествания на коронавирусна ваксина. Тя е създадена в Държавния теоретичен център по вирусология и биотехнология „ Вектор “.
Експертите са създали прототипи на ваксини, основани на шест разнообразни софтуерни платформи. Всички те са тествани върху чувствителни лабораторни животни, в това число и низши примати.
Предстои създаването на най-обещаващите и безвредни прототипи, както и установяване на състава, дозата и метода на приложение на бъдещата ваксина. Предполага се, че имунизацията ще бъде внедрена през четвъртото тримесечие на тази година.
На 19 март съветските учени съумяват да изолират гена на ковид. Според учените, резултатите от изследването дават схващане за това по какъв начин се развива вирусът, което може да помогне за основаването на ваксина и медикаменти против новата зараза.
Източник: "Труд "
Те могат да станат основата за изработването на медикаменти против ковид. Те описаха своите резултати в публикация, оповестена в ChemRxiv.
Изследователите са моделирали над 8000 съединения, които биха могли да се свързват с коронавирусните протеини, което ги прави неспособни да заразяват клетките на гостоприемника.От тях те са избрали 77 най-ценни за последващите пробни проучвания.
Учените се интересуват по какъв начин тъкмо вируса заразява клетките на организма. Когато китайските откриватели изолираха генома на вируса, стана известно, че механизма на зараза е сходен на действието на вируса на SARS.
Джеръми Смит, шеф на Центъра по молекулярна физика към ORNL, допусна, че SARS-CoV-2 се „ закачва “ към клетките по същия метод, както означи неговият сътрудник.
След това различен негов сътрудник – Миколас Смит, построи модел на протеин, който образува шипове по повърхността като ковид (S-протеин).
Той се основава на ранни проучвания на структурата на вируса. „ Успяхме да разработим прецизен изчислителен модел въз основа на информация за вируса, която едвам неотдавна беше оповестена в литературата за този вирус “, споделя Миколас Смит.
Създаденият през 2018 година суперкомпютър Summit, е разполагаем на ORNL, и е в положение да извърши 200 квадрилиона калкулации в секунда, а това е към милион пъти повече от един междинен преносим компютър.
С него откривателите моделират молекулярната динамичност на прикрепването на разнообразни съединения към шиповете на вируса.
Те се интересуваха какви съединения могат да попречат на вируса да се прикрепи към клетките на човешкото организъм.
„ Използвайки Summit, ние класирахме тези съединения въз основа на редица критерии, свързани с това какъв брой е евентуално те да се задържат към шиповете на Sпротеина “, изяснява Миколас Смит.
Избрали са общо 77 нискомолекулярни съединения, както с неестествен, по този начин и с натурален генезис.
По време на симулацията те са се свързали с тези сектори от шиповете, които са употребявани за навлизане в човешки кафези, което значи, че тези съединения могат да попречат на инфекцията.
Джеръми Смит акцентира, че самото пресмятане е незадоволително и би трябвало да последват опити. Сега, когато те са намерили обещаващи съединения, занапред би трябвало да се учат и тестват какъв брой ефикасни ще бъдат те в реалност.
„ Summit ни беше нужен с цел да получим бързо резултати – споделя Джеръми Смит, – Отне ни няколко дни, до момента в който на елементарен компютър щяхме да се мъчим няколко месеци.
Нашите резултати не значат, че сме намерили лекарство за коронавируас. Но доста се надяваме, че нашите данни ще послужат като основа за бъдещи изследвания на тези съединения. Само тогава ще разберем дали някой от тях има характерностите, нужни за намаляване на този вирус “.
Наскоро се появи нов, по-точен модел на S-протеиновите шипове и екипът възнамерява да стартира още веднъж да пресмята въз основа на най-новите данни.
Те предизвестяват, че новите резултати могат да се разграничават от актуалните. Междувременно в Русия започнаха тествания на коронавирусна ваксина. Тя е създадена в Държавния теоретичен център по вирусология и биотехнология „ Вектор “.
Експертите са създали прототипи на ваксини, основани на шест разнообразни софтуерни платформи. Всички те са тествани върху чувствителни лабораторни животни, в това число и низши примати.
Предстои създаването на най-обещаващите и безвредни прототипи, както и установяване на състава, дозата и метода на приложение на бъдещата ваксина. Предполага се, че имунизацията ще бъде внедрена през четвъртото тримесечие на тази година.
На 19 март съветските учени съумяват да изолират гена на ковид. Според учените, резултатите от изследването дават схващане за това по какъв начин се развива вирусът, което може да помогне за основаването на ваксина и медикаменти против новата зараза.
Източник: "Труд "
Източник: blitz.bg
КОМЕНТАРИ